Philipp Franz von Siebold studeerde aan de Universiteit van Würzburg medicijnen. Het leven voor de afgestudeerde, avontuurlijk aangelegde jonge arts was hem veel te saai en te eentonig in zijn geboortestad en hij vertrok naar Nederland. Daar kreeg hij de kans kreeg om naar het toenmalige Nederlands Indië af te reizen, alwaar hij als chirurgijnmajoor in het Nederlandse Leger (de V.O.C. bestond al enkele tientallen jaren niet meer) ging werken. Eenmaal in Batavia waagde hij de stap om naar Japan te gaan. Von Siebold was een van de eerste westerlingen die in Japan (westerse) medicijnen doceerde. Hij werd arts op Dejima, de Nederlandse handelsnederzetting bij Nagasaki. Daar deed hij vooral onderzoek naar de Japanse flora en fauna. Hij voerde zijn onderzoek uit met hulp van tolken en Japanse studenten.
In 1829 werd hij door Japan verdacht van spionage. Hij had van Japanse vrienden gedetailleerde kaarten van Japan gekregen, terwijl het niet-Japanners verboden was zulke informatie te bezitten. Via Batavia keerde hij terug naar Nederland. Hij zou zich uiteindelijk in Leiden vestigen. Enkele Nederlandse medewerkers op Dejima stuurden hem na zijn gedwongen vertrek Japanse planten, dieren en voorwerpen. Hij werd uiteindelijk directeur van het Ethnografisch Museum te Leiden.