De Parijse ziekenhuizen trokken veel internationale aandacht onder artsen. In de eerste helft van de negentiende eeuw was Parijs het centrum van de medische wetenschap. Het onderzoek was er strikt empirisch en beschrijvend.
In de nieuwe ziekenhuizen werden patiënten met gelijksoortige symptomen voor het eerst bij elkaar gezet. Artsen bestudeerden het ziekteverloop en deden autopsies om de ziektesymptomen in verband te kunnen brengen met zichtbare veranderingen en aandoeningen aan de organen of weefsels dieper in het lichaam. Het zwaartepunt verschoof van de prognose en behandeling van individuele patiënten naar een zo accuraat mogelijke diagnose en classificering van ziekten. Artsen probeerden ziekten van elkaar te onderscheiden en op een systematische wijze verschillende verklaringen voor ziekten te vinden. Daarbij pasten zij voor het eerst in de geneeskunde op grote schaal statistiek toe.
Zo ontstond een ontologisch ziektebegrip: ziekten als aparte entiteiten, met een onafhankelijk bestaan en een verband tussen interne laesies en externe symptomen. Dit ontologisch ziektebegrip bestaat tot op de dag van vandaag en komt het duidelijkst tot uiting in de (klinische) epidemiologie.
De individuele patiënt kwam meer op de achtergrond te staan. Die huurde niet langer een eigen arts in, want de arts stond nu aan de top van de ziekenhuishiërarchie en de patiënt lag passief in het ziekenhuisbed. De arts bekeek lichaam, geest en ziekte van de patiënt niet langer in hun complete samenhang. Hij bestudeerde het lichaam als een systeem van verschillende organen, waarin ziekte een of meer organen had aangetast. De inperking van de positie van de patiënt werd nog versterkt doordat de patiënten in de ziekenhuizen vrijwel uitsluitend uit de lagere klassen kwamen. Tot het einde van de negentiende eeuw (toen aseptische operatiekamers hun intrede deden) lieten de rijken zich buiten de ziekenhuizen verzorgen.